Durante o governo de Bolsonaro (PL), a Procuradoria-Geral da República (PGR), sob a liderança de Augusto Aras, fez repetidas tentativas para bloquear as investigações envolvendo Bolsonaro, seus assessores e familiares. No entanto, houve uma mudança de postura após a posse de Lula (PT) como Presidente da República, e a PGR passou a apoiar as investigações em andamento.
De acordo com a Folha, durante o período de fevereiro a dezembro de 2022, sob a administração do governo Bolsonaro, a Procuradoria-Geral da República (PGR) emitiu pelo menos seis manifestações solicitando o arquivamento das investigações. Essas manifestações alegavam que as provas eram consideradas ilegais, inconstitucionais e que resultavam em constrangimento ilegal para os indivíduos investigados.
Segundo a PGR, as decisões proferidas por Alexandre de Moraes, ministro do Supremo Tribunal Federal (STF), que autorizaram a quebra dos sigilos bancário, fiscal e telemático de Mauro Cid, ajudante de ordens de Bolsonaro, e outros assessores presidenciais, foram consideradas violações ao sistema processual.
Durante o período de 2022, durante a gestão de Bolsonaro, a PGR se opôs às quebras de sigilo e fez solicitações para que todo o material obtido fosse anulado.
No entanto, após a chegada de Lula à Presidência, houve uma mudança drástica na posição da PGR. Ela deixou de contestar as decisões anteriores e, em abril, passou a apoiar a utilização das provas que anteriormente haviam sido consideradas nulas e ilícitas. Essas provas foram utilizadas para conduzir buscas e prisões relacionadas ao caso da suposta fraude nos cartões de vacinação.
Em um exemplo específico, no dia 19 de dezembro de 2022, a Procuradoria-Geral da República (PGR) interpôs um recurso contra uma decisão proferida por Alexandre de Moraes, que autorizava a quebra do sigilo telemático de um ajudante de ordens de Bolsonaro.
Em 19 de janeiro, um mês após o episódio anterior, a Polícia Federal (PF) solicitou uma nova quebra de sigilo telemático de pessoas associadas a Bolsonaro. Alexandre de Moraes autorizou essas quebras em 26 de janeiro e, pela primeira vez, a PGR não apresentou recurso para contestar a decisão. A PGR apenas se manifestou para informar que tomou conhecimento do despacho do ministro.
Quando procurada pelo jornal para comentar o caso, a PGR afirmou que não houve mudança em sua posição e que o Ministério Público desempenha um papel importante na fiscalização da regularidade do ordenamento jurídico e no controle externo da atividade policial. Além disso, ressaltou que o Ministério Público não se limita a atuar apenas como órgão acusador e detentor exclusivo da ação penal pública.